Вирус клещевого энцефалита относится к семейству Флавивирусов (типовой вирус – вирус желтой лихорадки), экологическая группа Арбовирусов (то есть, передающиеся через членистоногих).
Вирус КЭ длительное время сохраняется при низких температурах (-60 С и ниже), хорошо переносит лиофилизацию, и в высушенном состоянии сохраняется много лет. Кипячение при 100 С инактивирует вирус через 2 мин, в горячем молоке (около 60С ) вирус погибает уже через 20 мин. Инактивирующим действием на вирус обладают фенол, формалин, спирт, др дезинфицирующие вещества, ультрафиолетовое излучение.
