Заболевание в Европе протекает в более легкой форме, чем в восточной части ареала клещевого энцефалита, особенно на Дальнем Востоке. Например, летальность в Европейской части России в разные годы составляла 1–3%, а на Дальнем Востоке смертельные исходы наступали у 20-40% заболевших клещевым энцефалитом.
Антигенное типирование, или способность вирусов перекрестно реагировать с теми или иными антителами, не получило широкого распространения, хотя опубликованы работы по эпитопному картированию с помощью панели моноклональных антител, а также работы по сравнению способности сывороток вакцинированных нейтрализовать различные штаммы вируса КЭ.
Это дало основание различить западный и восточный типы клещевого энцефалита и, соответственно, их возбудителей: Восточный и Западный субтипы. Многие исследователи склоняются к мысли, что тяжесть заболевания зависит от способности вируса проникать через гематоэнцефалический барьер, поражая, либо не поражая головной мозг.
В последнее время отечественными специалистами принято деление вирусов КЭ на три субтипа – Западный, Сибирский, Дальневосточный.
